Univ.-Prof. Dr. Karl Stöger absolvierte sein juristisches Studium in Wien und war von 2002 bis 2008 Universitätsassistent bei Prof. Mayer. Von Jänner bis Oktober 2009 war er als Rechtsanwaltsanwärter in Wien tätig. Seine Ernennung zum Universitätsprofessor im Oktober 2009 rief ihn an die Karl-Franzens-Universität Graz, wo er einen Lehrstuhl am Institut für Österreichisches, Europäisches und Vergleichendes Öffentliches Recht, Politikwissenschaften und Verwaltungslehre bekleidet.
Außerdem lehr Stöger an der Verwaltungsakademie des Bundes, der Fachhochschule FH Campus Wien und an der Wirtschaftsuniversität Wien. Er hat auch ein Postgraduate-Studium an der University of Oxford mit Schwerpunkt Wirtschafts- und Europarecht absolviert und mit Auszeichnung abgeschlossen.